موزه آستانه مقدس از بین 125 موزه موجود در كشور، یكی از قدیمی ترین موزه ها است كه در آبان ماه سال 1314 شمسی در محوطه داخلی حرم مطهر و محل فعلی مسجد شهید مطهری تأسیس گردید. فعالیت این موزه تا حدود دی ماه سال 1353 ادامه یافت و از آن تاریخ تا سال 1361 به دلایل متعدد (از جمله لزوم گسترش فضای جانبی موزه و احداث ساختمان فعلی) فعالیت موزه متوقف شد.
موزه آستان مقدس حضرت معصومه(س) با جمع آوری ذخایر ارزشمند تاریخی از قرن دوم تا دوره معاصر به عنوان قدیمی ترین موزه ها در کشور شناخته شده است.درهای بسیار زیبا ازجنس نقره و طلا که اغلب از دوره قاجاریه به جا مانده و از سوی پادشاهان قاجار بر رواقهای حرم نصب شده که عدد آن به هشت باب میرسد و یکی از آنها در ضریح است که تماما از طلا بوده و سه سال قبل با تعویض ضریح به موزه انتقال یافته است.
مجموعه آثار موزه شامل بخش های متنوعی است که اهم آن ها عبارتند از :
ـ بخش قرآن های خطی از قرن دوم تا دوره معاصر
ـ مسکوکات ادوار اسلامی و پیش از اسلام
ـ تابلوهای نقاشی و شمایل مینیاتوری
ـ آثار چوبی خاتم کاری
ـ آثار چوبی منبت کاری
ـ ظروف سفالینه متعلق به هزاره اول و دوم قبل از میلاد مسیح و ادوار اسلامی
ـ ظروف چینی و شیشه ای و…
ـ کاشی های زرین فام با طرح ها، نقوش و کتیبه های زیبا مربوط به قرون ششم تا هشتم هجری قمری
ـ آثار حجاری و سنگ های تزئینی
ـ لوازم فلزی با تزئینات قلمزنی
ـ قالیچه های دستباف ابریشمی دوره صفوی و قاجار
ـ پارچه های دستباف
قدیمیترین بخش آثار موزه آستانه مقدس قم را سفالینههای پیش از میلاد مسیح (ع) تشکیل میدهند که این آثار مربوط به منطقه باستانی سیلک کاشان و برخی نیز مربوط به منطقه باستانی صرم قم است که متعلق به هزارههای اول و دوم قبل از میلاد مسیح (ع) بوده است.
از این تعداد برخی نیز اهدایی و برخی نیز پیش از انقلاب توسط وزارت وقت اوقاف و صنایع مستظرفه به موزه انتقال داده شده است ، آثاری که به موزه اهدا میشود به نام اهدا کننده در موزه نگهداری میشود.آثار اهدایی به علت قدمتی که دارند اگر نیاز به مرمت داشته باشند در کارگاه هنری آستانه مرمت شده و پس از مرمت نسخهای از وضعیت جدید اثر به اهداء کننده تقدیم خواهد شد.
قدیمی ترین قرآن موزه در سال 198 هجری قمری نوشته شده است .مصاحف موزه عمدتا بخط کوفی، ثلث، نسخ، محقق و ریحان است که برخی از آنها از آغاز تا انتها به یک شیوه از خط خوشنویسی و برخی دیگر بشکل توامان نویسی کتابت شده است که اکثر آیات قرآن با مرکب مشکی و برخی دیگر نیز با آب طلا و رنگ لاجورد تحریر شده است.
موزه آستانه مقدس قم دارای نمونه های متعددی از آثار منبت کاری ادوار اسلامی است از جمله درهای چوبی منبت کاری مربوط به دوره صفوی که در حواشی آن آیاتی از قرآن مجید به چشم می خورد همچنین رحل منبت کاری دوره صفوی دارای نقوش گیاهی و حیوانی و انسانی و رحل منبت کاری و مشبک کاری دوره صفوی که توسط اعتماد الدوله وزیر شاه صفی وقف شده است.