تاریخچه مدرسه ضیائیه یزد به سده ی هفت هجری باز می گردد. زندان اسکندر یا همان مدرسه ضیائیه، مدرسه ای است که قدمتش به 8 قرن می رسد. بنای اولیه مدرسه در سال 631 هـ.ق توسط ضیاء الدین حسین رضی ساخته شد و پسران او در سال 705 هـ.ق این مدرسه را تکمیل کردند.
مدرسه ضیائیه یزد یکی از قدیمی ترین آثار این شهر می باشد که در دوره های متفاوتی مرمت شده و در سال 1346 با شماره ثبت 770 به ثبت آثار ملی رسیده است. مدرسه ضیائیه در محله فهادان و مجاور بقعه دوازده امامیه، خانه ی لاری ها و هتل موزه فهادان قرار دارد.
تاریخ زندان اسکندر به سال های دور باز می گردد و بنای اصلی در دو مرحله ساخته و تکمیل گردیده است. در ابتدا سید ضیاء الدین حسین رضی مدرسه ضیائیه را بنا کرد و در ایامی بعد در سال 705 ه.ق پسران وی مجدالدین حسن و شرف الدین علی این ساختمان عظیم و با شکوه را تکمیل کردند.
زندان اسکندر یا مدرسه ضیائیه سوالیست که ذهن گردشگران و مخاطبان زیادی را به خود جذب کرده است، در پاسخ به این سوال باید نظرات و تحقیق کارشناسان و محققانی را بررسی کرد که برای جواب سالیان سال کاووش کردند. روایت های متعددی وجود دارد که ما در این نوشتار به مدون ترین آنها استناد میکنیم.
درباره مدرسه ضیائیه یزد بنا به روایت ها اینطور مشخص است که این مدرسه در ابتدا برای آرامگاه و به عنوان بقعه ساخته شده و از آنجا که مقارن با حمله اسکندر شده به عنوان زندان از این مدرسه استفاده می کردند. در صد سال بعد نوه ی سازنده بنا این بنا را تکمیل کرد و کاربری مدرسه به آن اضافه گردید. کارشناسان میراث فرهنگی معتقد هستند که تاریخچه بنا به درستی در دست نیست. شاید به علت تعدد ساخت بر روی این بنا می باشد.
مدرسه ضیائیه یزد دارای معماری بسیار با ارزش و عظیمی به شیوه آذری است. این بنا در حمله مغول ساخته شده که دارای گنبد خانه بسیار عظیم به منظور بقعه می باشد. این مدرسه دارای سه ایوان، گنبد خانه ای قدیمی، سرداب و بادگیر است. هر یک از اضلاع چهار دیوار گنبد معادل 8.8 متر در طول اندازه دارد. ارتفاع بقعه و فاصله دهنه آن به ترتیب 18 و 9.5 متر می باشد.
با توجه به معماری مدرسه ضیائیه، می توان به بخش های مختلفی از این بنای عظیم و با ارزش اشاره کرد : از جمله چاه قطوری حدود 2 متر در وسط حیاط، سردابی به عمق حدود 5 متر که چاه وسط مدرسه از آن نشأت می گیرد، دارای گنبدی عظیم به ارتفاع 18 متر، تزئینات و گچبری ها با آب رنگ های طلایی و لاجوردی کار شده است. باعث تأسف است که اثر چندانی از کتیبه های چهار دیوار درونی گنبد باقی نمانده است.
آدرس مدرسه ضیائیه یزد : یزد، محله فهادان، جنب هتل فهادان