حرم مطهر حضرت معصومه (س) در مرکز شهر قم قرار گرفته است. این مرقد از جهات متعدد به میدان آستانه، خیابان آیت الله مرعشی نجفی، مسجد اعظم، خیابان موزه و مدرسه فیضیه منتهی می شود. در سال 605 هجری قمری به دستور امیر مظفر احمد بن اسماعیل، محمد بن ابی طاهر کاشی قمی به ساخت و پرداخت کاشی های متنوع مرقد حضرت معصومه (س) مشغول شد. ایشان یکی از بزرگ ترین استادهای کاشی ساز زمان خویش بود. کاشی های مرقد در سال 613 هجری قمری آماده گذاشتن شد و در سال 1377 هجری شمسی به شکل آمیخته ای از کاشی و سنگ تجدید بنا شد.
با توجه به گذر زمان، الحاقاتی در دوره های مختلف به این بنا افزوده شد. در سال 1380 هجری شمسی، اصلاحات و تعمیرات جدیدی شکل گرفت. نقره به کار رفته در ضریح با نقره صد درصد خالص که از بانک مرکزی خریداری شده بود، معاوضه گشت و چوب های آن توسط استادان متبحر اصفهانی ساخته و قلم زنی گشت.
اولین گنبد قبه ای برجی شکل به همت زینب دختر امام جواد در اواسط قرن سوم هجری قمری ساخته شد. مصالح به کار رفته در گنبد، آجر، سنگ و گچ بود. دو گنبد دیگر نیز، پس از دفن فاطمه معصومه بنا گشت.
در سمت جنوب غربی مرقد حضرت معصومه قم، پادشاهان صفوی دفن شده بودند که سنگ قبرهای آن ها از خشت طلا بود. در حال حاضر سنگ قبرها برداشته شده و در موزه نگهداری می شوند.
مساحت زیر بنای حرم حضرت معصومه، 1914 متر مربع است و مابقی شامل صحن قدیم و جدید است. مرقد ایشان مستطیلی شکل و گنبدش با صفحات طلا پوشانده شده است. حرم از چهار مناره تشکیل شده که هرکدام حوض و یک تاج مقرنس دارند. هم چنین مرقد حضرت معصومه دارای هشت در می باشد که چهار تای آن به صحن نو و دو تای دیگر در سمت غربی مرقد که یک در به خیابان موزه و در دیگر به ورودی مدرسه فیضیه باز می شود.
