طبق بررسی های کارشناسان قدمت این بقعه به قرن نهم هجری قمری می رسد.
یزد شهری است تاریخی و مملوء از آثار باستانی متعدد با معماری اصیل ایرانی که باعث شده مورد تحسین همگان حتی جهانیان قرار بگیرد.
امامزاده سید گلسرخ یزد در محله سرچشم، خیابان سید گل سرخ کمی بیرون تر از دروازه کوشک واقع شده است. این امام زاده یکی از ده ها آثار ارزشمند شهر تاریخی یزد به شمار می رود و از قسمت های مختلفی همچون قبرستان، آب انبار، بازارچه، خانه آقا و نمازخانه و حسینه تشکیل شده است، این مجموعه به علت تقدس بسیار باعث شده شهرت خاصی در بین مردم داشته باشد، البته دلیل تقدس آن این است که مردم امام زاده را با نام حسین پسر امام موسی بن جعفر(ع) می شناسند.
بر اساس کتیبه ای که در بقعه وجود دارد مشخص شده امامزاده متعلق به سید معزالدین بن شرف الدین محمد بن تاج الدین می باشد که در سال 856 هجری قمری به دست ایشان احداث شده است. معماری حسینیه سید گل سرخ یزد نیز در بین مردم شهر از محبوبیت زیادی برخوردار می باشد. درب ورودی بقعه با ابعادی بزرگ در ضلع شمالی تعبیه شده و برای هجوم مردم به این بقعه برای فرایض مذهبی به عنوان راه خروجی هم محسوب می شود.
بعد از ورود به بقعه، ازاره هایی به ارتفاع یک متر از جنس سنگ به کار رفته را خواهید دید که پایین دیوارها را پوشانده است. دیوارهای بقعه را نیز گچ اندود کرده اند، البته کف بقعه را با سنگفرش پوشش داده اند که نمای جالبی به داخل آن بخشیده است.
گنبد بقعه سيد گل سرخ يزد دارای گردونه ای بسیار زیباست که کاشی های معرق و اسلیمی به آن جلوه ای خاص بخشیده اند. در اطراف بقعه مزاری وجود دارد که دیوارهای آن ضخامتی برابر با 4.1 متر و ابعاد 4*55.4 متر دارد. علاوه بر مزار، آثار تخریب شده از چند حجره ها در آنجا باقی مانده است که بقایای بجا مانده از آن ها بیشتر شبیه مکتب های قدیمی هستند.
بقعه سید گل سرخ در یزد از چهار جهت اصلی از داخل دارای اشکوبه هایی می باشد که داخل غرفه دو و سه پنجره فلزی تعبیه شده و در طبقه های پایین آن، طاقچه ساخته اند.
در مرکز امامزاده سید گلسرخ(ع) قبری دیده می شود که گفته شده مربوط به امامزاده سید گل سرخ است اما متاسفانه به جز کتیبه ای که با کاشی معرق و خط نسخ بالای سر قبر نصب شده و نام دوازده معصوم روی آن نوشته اند، آثاری مربوط به تاریخ فوت صاحب قبر وجود ندارد.
کلام آخر، این بقه به علت معماری خاص و اصیلش به یکی از جاذبه های گردشگری شهر یزد برای گردشگران داخلی و خارجی تبدیل شده است، البته این بقعه در سال 1381 با شماره 7660 در فهرست آثار ملی به ثبت رسیده است.